L’impianto originario del complesso ecclesiastico di Santa Maria in Padovetere si data a partire dal VI secolo d.C. ed è composto da una chiesa con aula rettangolare, chiusa sul lato orientale da un ambiente absidato.
Quasi a ridosso della parete settentrionale dell’edificio è posto un battistero con pianta poligonale all’esterno e circolare all’interno, al centro del quale vi è una vasca circolare su basamento esagonale.
Sia fuori che dentro l’aula rettangolare vi sono delle sepolture realizzate con mattoni, alcune delle quali avevano in origine una copertura piana, mentre altre una copertura a doppio spiovente (“a cappuccina”).
Oggi i resti delle strutture murarie appaino ricoperti da mattoni moderni a seguito di un restauro realizzato subito dopo la loro scoperta, avvenuta nel 1956, il quale fu eseguito con l’intento di preservare quanto rimane delle strutture e di renderne meglio leggibile la planimetria.
Della struttura originaria si conservano soltanto le fondazioni dei muri realizzati con pietre e laterizi legati con malta a base di calce.
